1999年10月『食の体験文化史』(中公文庫)、文庫化
2000年5月「仁徳陵から大山古墳へ−私の考古学人生と陵墓」『日本の古墳と天皇陵』(同生社)に所収
2000年8月『巨大古墳−治水王と天皇陵』(講談社学術文庫)[巨大古墳の世紀]を改題
2000年9月『続 食の体験文化史』(中公文庫)、文庫化
2000年10月『僕が歩いた古代史の道』(角川ソフィア文庫)、随筆集をまとめた。
2000年12月『記紀の考古学』(朝日新聞社)
2001年1月「三輪と和泉」『大美和』創刊100号記念特集号に所収。
2001年4月『関東学をひらく』(朝日新聞社)
2001年6月『語っておきたい古代史』(新潮文庫)[倭人・クマソ・天皇]を改題
2001年7月「唐古・鍵遺跡の考古学−研究の歩みと展望」『唐古・鍵遺跡の考古学』(学生社)に所収、
2001年11月「東海学の創造をめざして」第8回春日井シンポジウム『東海学の創造をめざして』(五月書房)に所収。
2002年7月『地域学のすすめ−考古学からの提言』(岩波新書)
2002年8月『僕と歩こう考古学の旅』(小学館)
2002年10月『わが青春の考古学』[僕は考古学に鍛えられた]を改題(新潮文庫)[『僕は考古学に鍛えられた』を改題して文庫化
2002年11月「東海学の整理と今後の展望」第9回春日井シンポジウム『東海学が歴史を変える』(五月書房)に所収
2003年2月『僕の古代史発掘』(角川選書)
2003年3月「失われた時を求めて−百舌鳥大塚山古墳の調査を回顧して」『堺市博物館館報』第22号に所収
2003年11月『魂の考古学−時のすぎゆくままに』(五月書房)
2004年2月『山野河海の列島史』(朝日選書)
2004年3月「百舌鳥城ノ山古墳の調査」『堺市博物館館報』第23号に所収
2004年9月『改題 日本人の考古学』佐原真さんとの対談(学生社)
2004年9月「なぜ、いま日本の古代か」大林太良、司馬遼太郎さんとの対談。『日本人の原型を探る』(中公文庫)に所収。
2004年10月『京都学ことはじめ 森浩一12のお勉強』寒川旭・中川要之助・寺川眞知夫・門田誠一・森博達・浅見和彦・竹居明男・高野昌司・小泉武夫・石野博信・山田慶兒・池内紀さんらと(編集グループSURE)
2004年10月「日本文化の源流に挑む」金達寿・司馬遼太郎・岡本太郎さんとの対談『対談集 岡本太郎 発言!』(二玄社)に所収
2004年11月「地域学と司馬遼太郎の『街道をゆく』第11回春日井シンポジウム『地域学から歴史を読む』(大巧社)に所収
2004年12月『海から知る考古学入門−古代人との対話』(角川oneテーマ21)
2005年2月『記紀の考古学』(朝日文庫)文庫化
2005年3月『ぼくの考古古代学』(NHK出版)
2005年4月『森浩一の語る日本の古代』ビデオ・DVD全12巻(ユーキャン出版局)
2005年5月『この国のすがたと歴史』網野善彦さんとの対談(朝日選書)[『この国のすがたに歴史を読む』を改題]
2005年7月『「東海学」事始め』学生社
2005年7月『森浩一、食った記録』SURE
2005年11月『水とまつりの古代史』大巧社
2006年10月『回想の食卓』大巧社
2006年11月「伝説と考古学」『伝説に歴史を読む』大巧社